1988-1996: ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΥΠΟΔΟΜΗΣ

Με την ποδοσφαιρική ομάδα να βρίσκεται μετά από χρόνια στην Γ' Κατηγορία, η δημιουργία ενός νεανικού συνόλου μοιάζει με μονόδρομο. Και όντως έτσι γίνεται: Ο δάσκαλος Κούλης Κυλάκος παίρνει μια νεανική φουρνιά ποδοσφαιριστών (Ζώρζος, Αφοί Σκριμιζέα, Σύρμας, Τασιούλας, Χειλαδάκης κ.α.), η οποία βγάζει όλο το ταλέντο της και το δέντρο δεν αργεί να καρποφορήσει. Τον Μάιο του 1990 γίνεται ένα ιστορικό παιχνίδι στο γήπεδο του Μοσχάτου. Με προπονητή πια τον Δ. Βράιλα και μπροστά σε 2.500 θεατές, ο Προφήτης αποσπά 0-0 από την συνδιεκδικήτρια Ελλάδα Ποντίων και επιστρέφει στην Β' Κατηγορία, με τον λόφο να φλέγεται για ακόμα μία φορά. Το 1994 θα υποβιβαστεί εκ νέου, όμως τα νέα ταλέντα δεν σταματάνε να ξεπηδούν, και η υποδομή είναι εχέγγυο για την συνέχιση της πορείας του τμήματος.
Και μιλώντας για υποδομή, εκείνη η εποχή είναι και η χρυσή του τμήματος μπάσκετ στο συγκεκριμένο κομμάτι. Μετά το '87 όλη η Ελλάδα είχε βγει στους δρόμους και έπαιζε μπάσκετ, κάτι που έκανε το ανοικτό γήπεδο του λόφου μια πραγματική κυψέλη για το άθλημα. Τα "μικρά" τμήματα αναπτύχθηκαν τρομερά σε οργάνωση και μαζικότητα, χάρη στον ακούραστο εργάτη του συλλόγου, γιατρό Κώστα Βλάμη, αλλά και όλους τους υπόλοιπους που ασχολήθηκαν στο διοικητικό κομμάτι. Τα Σαββατοκύριακα οι προπονήσεις ξεκινούσαν από τις οκτώ το πρωί και τελείωναν αργά το απόγευμα, με τον Προφήτη να έχει εξελιχθεί σε έναν σύλλογο πρότυπο για την εποχή του. Όλος αυτός ο οργασμός είχε φυσικά αντίκτυπο και στην πρώτη ομάδα, που το 1990 φτάνει στην μέχρι τότε κορύφωσή της, με παίκτη-προπονητή τον Σάκη Γαζή, και παίκτες όπως οι Καντσός, Σελάς Μπαμπάλας, Ανδριτσάκης, Ανδρακάκος, αλλά κυρίως ο Δημήτρης Χατζής, το μεγαλύτερο μπασκετικό ταλέντο που έχει αναδείξει ο λόφος. Έτσι έρχεται η άνοδος στην Γ' Κατηγορία της Αττικής, σημαντικό επίτευγμα αν σκεφτούμε τις συνθήκες της εποχής, όπου το επίπεδο ήταν σαφώς πιο ανεβασμένο σε σχέση με σήμερα. Το 1995 η ενιαία ΕΣΚΑ χωρίζεται και ο Προφήτης Ηλίας γίνεται μέλος της ΕΣΚΑΝΑ, όπου ανήκει γεωγραφικά. Την πρώτη χρονιά η ανδρική ομάδα μετέχει στην Β' Κατηγορία, αλλά παρότι τερματίζει με μοιρασμένες νίκες και ήττες και στη μέση της βαθμολογίας, υποβιβάζεται λόγω των πολλών ομάδων που έπεσαν εκείνη τη χρονιά. Όσο κι αν ο υποβιβασμός αυτός πόνεσε, η πλούσια υποδομή δεν άφηνε χρόνο για δάκρυα. Όπως και η πορεία της γυναικείας ομάδας, που την ίδια χρονιά (1996), τερματίζει αήττητη στο πρωτάθλημα της Β' ΕΣΚΑΝΑ και ανεβαίνει στην πρώτη κατηγορία.
Αυτή η εποχή είναι και η τελευταία αναλαμπή για το φορτωμένο με δόξα τμήμα του πινγκ-πονγκ. Μια σπουδαία γενιά αθλητών φέρνει πολλά ακόμα πανελλήνια πρωταθλήματα. Στο διασυλλογικό ο Προφήτης κάνει τρία εκπληκτικά "νταμπλ": Παμπαίδες και παγκορασίδες το 1988, παίδες και κορασίδες το 1990, έφηβοι και νεάνιδες το 1993. Μερικά από τα ονόματα αυτής της φουρνιάς είναι η Μαρία Μοίρου, ο Γιώργος Χαντζής, ο Κωνσταντίνος Κωστόπουλος, η Κατερίνα και η Χρυσούλα Ντουλάκη, η Ειρήνη Βαφέα, ο Γιώργος Πετρόχειλος, ο Αντώνης Δρόσος και πολλοί ακόμη. Δυστυχώς ακολούθησαν πολλά προβλήματα: Οικονομικό, έλλειψη λέσχης, κακοδιοίκηση, με συνέπεια το τμήμα σταδιακά να ατονήσει και να αναστείλει κατόπιν τη λειτουργία του για πάνω από μια εικοσαετία.