1988-1996: ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΥΠΟΔΟΜΗΣ

Με την ποδοσφαιρική ομάδα να βρίσκεται μετά από χρόνια στην Γ' Κατηγορία, η δημιουργία ενός νεανικού συνόλου μοιάζει με μονόδρομο. Και όντως έτσι γίνεται: Ο δάσκαλος Κούλης Κυλάκος παίρνει μια νεανική φουρνιά ποδοσφαιριστών (Ζώρζος, Αφοί Σκριμιζέα, Σύρμας, Τασιούλας, Χειλαδάκης κ.α.), η οποία βγάζει όλο το ταλέντο της και το δέντρο δεν αργεί να καρποφορήσει. Τον Μάιο του 1990 γίνεται ένα ιστορικό παιχνίδι στο γήπεδο του Μοσχάτου. Με προπονητή πια τον Δ. Βράιλα και μπροστά σε 2.500 θεατές, ο Προφήτης αποσπά 0-0 από την συνδιεκδικήτρια Ελλάδα Ποντίων και επιστρέφει στην Β' Κατηγορία, με τον λόφο να φλέγεται για ακόμα μία φορά. Το 1995 θα υποβιβαστεί εκ νέου, όμως τα νέα ταλέντα δεν σταματάνε να ξεπηδούν, και η υποδομή είναι εχέγγυο για την συνέχιση της πορείας του τμήματος.
Και μιλώντας για υποδομή, εκείνη η εποχή είναι και η χρυσή του τμήματος μπάσκετ στο συγκεκριμένο κομμάτι. Μετά το '87 όλη η Ελλάδα είχε βγει στους δρόμους και έπαιζε μπάσκετ, κάτι που έκανε το ανοικτό γήπεδο του λόφου μια πραγματική κυψέλη για το άθλημα. Τα "μικρά" τμήματα αναπτύχθηκαν τρομερά σε οργάνωση και μαζικότητα, χάρη στον ακούραστο εργάτη του συλλόγου, γιατρό Κώστα Βλάμη, αλλά και όλους τους υπόλοιπους που ασχολήθηκαν στο διοικητικό κομμάτι. Τα Σαββατοκύριακα οι προπονήσεις ξεκινούσαν από τις οκτώ το πρωί και τελείωναν αργά το απόγευμα, με τον Προφήτη να έχει εξελιχθεί σε έναν σύλλογο πρότυπο για την εποχή του. Όλος αυτός ο οργασμός είχε φυσικά αντίκτυπο και στην πρώτη ομάδα, που το 1990 φτάνει στην μέχρι τότε κορύφωσή της, με παίκτη-προπονητή τον Σάκη Γαζή, και παίκτες όπως οι Καντσός, Σελάς Μπαμπάλας, Ανδριτσάκης, Ανδρακάκος, αλλά κυρίως ο Δημήτρης Χατζής, το μεγαλύτερο μπασκετικό ταλέντο που έχει αναδείξει ο λόφος. Έτσι έρχεται η άνοδος στην Γ' Κατηγορία της Αττικής, σημαντικό επίτευγμα αν σκεφτούμε τις συνθήκες της εποχής, όπου το επίπεδο ήταν σαφώς πιο ανεβασμένο σε σχέση με σήμερα. Το 1995 ενιαία ΕΣΚΑ χωρίζεται και ο Προφήτης Ηλίας γίνεται μέλος της ΕΣΚΑΝΑ, όπου ανήκει γεωγραφικά. Την πρώτη χρονιά η ανδρική ομάδα μετέχει στην Β' Κατηγορία, αλλά παρότι τερματίζει με μοιρασμένες νίκες και ήττες και στη μέση της βαθμολογίας, υποβιβάζεται λόγω των πολλών ομάδων που έπεσαν εκείνη τη χρονιά. Όσο κι αν ο υποβιβασμός αυτός πόνεσε, η πλούσια υποδομή δεν άφηνε χρόνο για δάκρυα. Όπως και η πορεία της γυναικείας ομάδας, που την ίδια χρονιά (1996), τερματίζει αήττητη στο πρωτάθλημα της Β' ΕΣΚΑΝΑ και ανεβαίνει στην πρώτη κατηγορία.
Αυτή η εποχή είναι και η τελευταία αναλαμπή για το φορτωμένο με δόξα τμήμα του πιγκ-πογκ. Ο σύλλογος γνωρίζει μερικές ακόμα σπουδαίες επιτυχίες, τον καιρό που ξεπροβάλλουν δύο πολύ μεγάλα αστέρια, η Ειρήνη Βαφέα αλλά προπάντων η Μαρία Μοίρου, η κορυφαία σύγχρονη ελληνίδα αθλήτρια στο πιγκ-πογκ. Το 1993 ο ΑΟΠΗ αναδυκνείεται πανελληνιονίκης σε νέους και νεάνιδες, όμως αυτός είναι και ο επιθανάτιος ρόγχος ενός τμήματος που παραδίνεται στα τεράστια οικονομικά και στεγαστικά του προβλήματα, αναστέλλοντας τη λειτουργεία του μέχρι και τις μέρες μας.